光绪五年至光绪六年，清廷内部政争激烈，发生于此时期的中日琉球交涉笼罩在其阴影之下。恭亲王奕䜣、沈桂芬主导的总理衙门与李鸿章共同掌控对日外交的话语权，形成清政府的对日外交底线，然而这一“同盟”在边防危机引发的政治博弈中瓦解：清流围绕“崇厚使俄案”展开搏击，造成原有中央决策系统的撕裂，为更好处理对俄关系，两宫太后引惇亲王、醇亲王、潘祖荫与翁同龢进入决策班底，并启用南书房作为临时办公地，还命四人参与对琉球分割条约的会商，导致恭亲王、沈桂芬一系的决策权受到挑战；与此同时，李鸿章与沈桂芬渐行渐远，由支持草签琉球分割条约转向上奏反对，并获得淮系疆臣的支持。最终，琉球分割条约被废止。